「けものフレンズ3」は、超巨大総合動物園・ジャパリパークを探索し、さまざまなフレンズたちと出会い、育成が楽しめるRPGだ。

探検隊の隊長を任されることとなったプレイヤー。ジャパリパークには、フレンズたちを襲うセルリアンが大量に発生し、セルリアンと戦いながら探索を進めていかなければならない。

バトルはターン制のコマンド選択型となっており、バトルに勝利することでストーリーを進めていくことができる。必殺技のけものミラクルや、追加行動が可能になるおかわりゲージなど、本作ならではの要素も搭載されている。

お気に入りのフレンズは育成も可能だ。バトルで経験値を獲得していくのはもちろん、素材を使って野生解放することで、ステータスを強化することもできる。また、さまざまな衣装に着替えもできるので、見た目も自分好みに変更しよう。

その他、フレンズたちの姿が描かれた写真・フォトを装備することができ、さまざまなフォトをコレクションする楽しさも用意されている。