「なぞぷよ2」は、「ぷよぷよ」に収録されている「なぞなぞぷよぷよ」モードだけを、とことん遊ぶことのできるアクションパズルゲーム。
ゲームの基本はおなじみの「ぷよぷよ」と同様、同じ色の「ぷよぷよ」を4つ以上つなげて消していくという、シンプルなルール。「なぞぷよ」ではさらに「10連鎖すべし」「ぷよすべてを消すべし」といったお題が出題され、決められたお題を達成することでステージクリアとなる。
また本作では、「えでぃっと」モードで自分だけの「なぞぷよ」を作ることができ最大30問まで自分の作ったデータを保存できる。
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