「12歳。とろけるパズル♡ふたりのハーモニー」は、カコ・花日・結衣になって、自分の好きな相手とペアを組み、お気に入りのボイスや衣装をセットして遊ぶことのできるパズルゲーム。意外なペアを組んでみたり、カレカノでオソロコーデの衣装にしたり、パズルの見た目やパズルの背景を変更することも可能。セットできるボイスは250種類以上あるので、自分の好きなキャラクターにお気に入りのセリフを言ってもらうことができる。
本作では、新ヒロイン「カコ」と「小日向」、その友だち含め4人がゲームに初登場。花日＆高尾、結衣＆桧山や個性ゆたかな6年2組のおなじみのメンバーも勢ぞろいし、さらに前作「12歳。～恋するDiary～」の人気男子キャラ武智と柚希も本作に登場。登場するキャラクターは全員ボイス付だ。
(C)まいた菜穂・小学館／アニメ「12歳。」製作委員会 (C)Happinet
