「クッキールート」は、上から落ちてくるルートパネルを、スタートからゴールまでルートを繋げて遊ぶパズルゲームだ。プレイヤーはパネルを左右に動かしタップで回転、障害物を避けたり逆に利用したりしながら、スタートからゴールまでのルートを繋いでいく。長くルートを繋げると多くのポイントを獲得。ランキングで優位に立つことができる。どんなルートで繋いでいくかはプレイヤー次第だ。
また、各ステージにはギミックが登場。難易度が上がるにつれてスピードアップやお邪魔ギミックの出現、ターン制限など種類はさまざまだ。
さらに、ステージ内に散りばめられた星を通過しながらルートを繋ぐと、クッキーを作るための素材を手に入れることができる。素材をたくさん集めてさまざまな種類のクッキーを作って売ることで、ゲーム攻略に必要なコインが獲得できるほか、売上ランキングのスコアを競い合うことも可能となっている。
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