「スーパーダンガンロンパ2×2」は、無人島となったジャバウォック島で発生する殺人事件の真相を追うハイスピード推理アクションだ。私立希望ヶ峰学園の生徒たちは修学旅行で島を訪れるが、モノクマの陰謀によってコロシアイへと巻き込まれていく。
プレイヤーは島を探索して生徒たちと交流し、事件発生後は現場の捜査や聞き込みから証拠を収集。学級裁判では集めた「言弾（コトダマ）」を使って発言の矛盾を論破し、犯人（クロ）を突き止める。原作シナリオに加え、事件の展開が異なる新シナリオも収録されている。
ジャバウォック島を歩いて生徒と交流
日常パートではジャバウォック島を自由に歩き、超高校級の才能を持つ生徒たちとの会話や交流を重ねる。平穏な修学旅行の時間を過ごすなかで殺人事件が発生すると捜査パートへ移り、事件の真相を追うことになる。
事件現場を捜査して言弾を収集
殺人事件の発生後は現場を調べるほか、生徒たちへの聞き込みを行い、学級裁判に必要な証言や証拠を集める。捜査で発見した証拠は「言弾（コトダマ）」となり、参加者の証言に潜む矛盾を崩す手掛かりとして活用する。
学級裁判で矛盾を撃ち抜く
学級裁判では、生徒たちが事件について交わす議論から犯人（クロ）を探し出す。画面上を流れる発言を見極め、矛盾した部分へ適切なコトダマを撃ち込んで「論破」。ノンストップで展開する議論を重ね、殺人事件の真相へ迫る。
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