凶悪事件の数々にコナンたちが立ち向かう！3DS「名探偵コナン マリオネット交響曲」ストーリーの導入と推理パートの流れを紹介

華やかなウォーターフロントの中心に建設された、超高層展望ビル「クローバーヒルズ」。島全体のコントロールを担う制御塔でもあるクローバーヒルズのセントラルタワーでは、オープニング1周年イベントが催され、ウォーターフロントは多くの人で賑わいを見せていた。

その人波の中に、コナン・ファミリーの姿もあった。事件の相談を受けた小五郎とコナンと蘭は、依頼主の待つ水族館に。少年探偵団と灰原は都市伝説を追いかけてビルの非常階段に。服部と和葉はテレビ局の公開スタジオに出演している。

そんな中、突如起こった巨大な爆発。ウォーターフロントから本土へ続く橋が爆破されたのだ。驚愕するコナン達は、自分が本土から孤立した事を知る。同時に各種マスコミに、犯行声明とクローバーヒルズにいる全員を人質にしたと脅迫メールが送られる。

クローバーヒルズは乗っ取った…。

コントロールを失ったクローバーヒルズは混乱し、様々なエリアで次々と凶悪事件が起こる。クローバーヒルズに、邪悪な意図を抱いた集団が存在する。

最早、コナン1人で立ち向かう事は不可能。小五郎、平次、蘭、和葉、園子、少年探偵団、警視庁の面々、怪盗キッド…この混乱を鎮めるためには、彼ら全員の協力が必要だ。コナン達が相手にするのは、1人の犯人ではない。彼らの目的は一体、何なのか？　コナン達はその目的を突きとめ、彼らの犯行を食い止める事ができるのか？

こうして今、コナン・ファミリーと犯人グループとの戦いの幕が切って落とされた。